SCIER Author Services

截至到2021年6月12日，2021年中国学者在Cell 发表了25项研究成果，其中新冠相关的有8项。

对于通讯单位来说（数量>1），中国科学院发表了11项，北京大学7项，清华大学5项，西北工业大学2项，浙江大学2项。

对于通讯作者来说（数量>1），张泽民，王文，俞立，何舜平等发表了2项研究成果。

最后，由于数量较多，如有疏忽，请及时告知我们。

1.单位分布情况

2.文章列表（黄色部分为新冠相关）

3.所有文章详细列表

【1】2021年6月9日，山东第一医科大学/山东省医学科学院史卫峰，悉尼大学Edward C. Holmes及中国科学院西双版纳热带植物园Alice Catherine Hughes共同通讯在Cell 在线发表题为“Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses”的研究论文，该研究描述了 2019 年 5 月至 2020 年 11 月期间从中国云南省一个小地理区域收集的 411 个蝙蝠样本的元转录组学研究。该研究确定了 24 个全长冠状病毒基因组，包括四个新型 SARS-CoV-2 相关和三个SARS-CoV 相关病毒。 Rhinolophus pusillus 病毒 RpYN06 在大部分基因组中是 SARS-CoV-2 的近亲，尽管它具有更多样化的刺突基因。其他三种与 SARS-CoV-2 相关的冠状病毒携带一个基因上独特的刺突基因，该基因可以在体外与 hACE2 受体弱结合。生态模型预测了多达 23 种Rhinolophus蝙蝠物种的共存，最大的连续热点从老挝南部和越南延伸到中国南部。该研究强调了蝙蝠冠状病毒在当地范围内的显著多样性，包括 SARS-CoV-2 和 SARS-CoV 的近亲。

【2】2021年2月3日，北京大学，中国科学技术大学，海军军医大学，首都医科大学等40多家单位联手合作，张泽民，周鹏辉，蒋庆华，黄志伟，贝锦新，卞修武，刘新东，程涛，赵平森，王福生，苏冰，王红阳，张政，瞿昆，王晓群，陈捷凯，金荣华等共同通讯在Cell 在线发表题为“COVID-19 immune features revealed by a large-scale single cell transcriptome atlas”的研究论文，该研究对来自196名COVID-19患者和对照的284个样品应用了单细胞RNA测序，并创建了一个拥有146万个细胞的全面免疫环境。大型数据集能够确定不同的外周免疫亚型变化与COVID-19的年龄，性别，严重性和疾病阶段等不同的临床特征有关。SARS-CoV-2 RNAs存在于多种上皮和免疫细胞类型中，并伴随病毒阳性细胞内的转录组显著变化。S100A8 / A9的系统性上调主要由外周血中的巨核细胞和单核细胞引起，可能导致重症患者中频繁观察到的细胞因子风暴。该研究数据为了解COVID-19的发病机理和制定有效的治疗策略提供了丰富的资源（点击阅读）。

【3】2021年5月28日，四川农业大学李仕贵，钦鹏及中国科学院遗传发育生物学研究所梁承志共同通讯在Cell 在线发表题为“Pan-genome analysis of 33 genetically diverse rice accessions reveals hidden genomic variations”的研究论文，该研究收集了31种高质量的遗传多样性水稻种质的基因组。结合两个现有的程序集，该研究开发了全基因组规模的基因组资源，从而提供了水稻基因组变异的途径。具体来说，该研究发现了171,072个SV和25,549 gCNV，并使用了Oryza glaberrima装配体来推断Oryza sativa种群中SV的衍生状态。该研究对SV形成机理，对基因表达的影响以及亚种群之间的分布的分析说明了这些资源在了解SV和gCNV如何影响水稻环境适应性和驯化方面的实用性。当仅使用SNP和单个参考装配体时。该研究工作提供了丰富的种群规模资源，并配有易于使用的工具，以促进水稻育种以及植物功能基因组学和进化生物学研究（点击阅读）。

【4】2021年5月27日，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所付巧妹及云南大学张虎才共同通讯在Cell 在线发表题为“The deep population history of northern East Asia from the Late Pleistocene to the Holocene”的研究论文，该研究使用从阿穆尔地区25.36-3.4 ka的25个个体获得的全基因组数据，该研究显示与田园洞相关的祖先在最后一次冰河期（Last Glacial Maximum，LGM）之前已在东亚北部广泛分布。该研究是首次在东亚地区开展跨度为4万年的大规模人类古基因组研究，且首次利用古基因组在适应性方面探究东亚人群重要表性特征的演化来源，揭示东亚北部距今3,3000-3,400年的人群动态遗传历史，为进一步探索东亚人群与环境的关系提供了重要遗传学证据（点击阅读）。

【5】2021年5月27日，清华大学俞立团队在Cell 在线发表题为“Mitocytosis, a migrasome-mediated mitochondrial quality-control process”的研究论文，该研究报道了Mitocytosis（线粒体胞吐），这是一种由粒体介导的线粒体质量控制过程。该研究发现，暴露于轻度的线粒体胁迫后，受损的线粒体被转运至迁移体（ migrasomes ），随后从迁移细胞中清除。从机制上讲，线粒体细胞分裂需要将受损的线粒体定位在细胞周围，这是因为受损的线粒体避免与内向运动蛋白结合。在功能上，线粒体胞吐在维持线粒体质量中起重要作用。增强的线粒体胞吐作用可保护细胞免受线粒体应激源诱导的线粒体膜电位（MMP）损失和线粒体呼吸的影响；相反，在正常情况下，阻断细胞分裂会导致MMP丧失和线粒体呼吸。生理上，该研究证明了在体内嗜中性粒细胞中维持MMP和活力需要细胞线粒化作用。总之，线粒体胞吐是细胞迁移过程中重要的线粒体质量控制过程，它将线粒体稳态与细胞迁移耦合在一起（点击阅读）。

【6】2021年5月25日，清华大学戴琼海，俞立及范静涛共同通讯在Cell 在线发表题为”Iterative tomography with digital adaptive optics permits hour-long intravital observation of 3D subcellular dynamics at millisecond scale“的研究论文，该研究提出了一种计算成像框架，称为数字自适应光学扫描光场相互迭代层析成像（DAOSLIMIT），它具有高速，高分辨率3D成像，平铺波前校正和紧凑型系统的低光毒性。通过同时对整个体积进行层析成像，该研究获得了在225×225×16μm3范围内的体积成像，在数十万个时间点上，毫秒级的横向分辨率高达220 nm，轴向分辨率高达400 nm。为了建立功能，该研究探索了中性粒细胞迁移和肿瘤细胞循环过程中不同物种的大规模细胞迁移和神经活动，并观察了哺乳动物的各种亚细胞动力学（点击阅读）。

【7】2021年5月24日，中国科学院微生物研究所，安徽大学，山西农业大学等多单位合作，王奇慧，高福及齐建勋共同通讯在Cell 在线发表题为“Binding and molecular basis of the bat coronavirus RaTG13 virus to ACE-2 in humans and other species”的研究论文，该研究获得了RaTG13受体结合域（RBD）与人ACE2（hACE2）的复杂结构，并进一步评估了RaTG13 RBD与另外24个ACE2直系同源物的结合。通过将RaTG13 RBD中的残基替换为SARS-CoV-2 RBD中的残基，该研究发现残基501（在VOC 501Y.V1 / V2 / V3中发现的主要位置）在确定RaTG13的潜在宿主范围中起关键作用。该研究还发现SARS-CoV-2可以诱导针对RaTG13的强交叉反应抗体，并确定了SARS-CoV-2 MAb CB6，可以交叉中和RaTG13假病毒。这些结果阐明了RaTG13的受体结合和宿主适应机制，并强调了对动物病毒库携带的冠状病毒（CoV）进行连续监视以防止CoV再次溢出的重要性（点击阅读）。

【8】2021年5月24日，清华大学，上海科技大学等多单位合作，饶子和，娄智勇及Gao Yan共同通讯在Cell 在线发表题为“Coupling of N7-methyltransferase and 3'-5' exoribonuclease with SARS-CoV-2 polymerase reveals mechanisms for capping and proofreading”的研究论文，该研究以识别为Cap（0）-RTC的形式展示SARS-CoV-2复制转录复合体（RTC）偶联共转录加帽复合体（CCC）的冷冻EM结构，该结构包括nsp12 NiRAN，nsp9，nsp14，以及nsp10蛋白。Nsp9和nsp12 NiRAN将nsp10 / nsp14募集到Cap（0）-RTC中，形成N7-CCC，以在pre-mRNA的5'末端产生cap（0）（7MeGpppA）。通过cryo-EM观察到的Cap（0）-RTC的二聚体形式表明，nsp14 ExoN具有反演回溯机制，有助于与聚合酶nsp12一起对RNA进行校对。这些结果不仅为理解SARS-CoV-2 mRNA的共转录修饰提供了结构基础，而且还阐明了如何维持SARS-CoV-2中的复制保真度。

【9】2021年5月14日，北京大学杜鹏团队在Cell 在线发表题为“Mouse totipotent stem cells captured and maintained through spliceosomal repression”的研究论文，该研究报告小鼠ESCs剪接体抑制驱动多能到全能状态转换。该研究使用剪接抑制剂Pladienolide B，可以在分子水平上与2细胞和4细胞卵裂球（称为全能卵裂卵球样细胞（TBLC））相比，在全能的ESC上实现稳定的体外培养。小鼠嵌合检测与单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合表明TBLC具有强大的双向发育能力，可产生多种胚胎和胚外细胞谱系。在机制上，剪接体阻遏导致多能基因的广泛剪接抑制，而几乎不含短内含子的全能基因被有效剪接并转录激活。该研究研究提供了一种捕获和维持全能干细胞的方法。

【10】2021年4月20日，浙江大学朱永群及张兴共同通讯在Cell 在线发表题为“Structural basis of assembly and torque transmission of the bacterial flagellar motor”的研究论文，该研究介绍了与钩复合的细菌鞭毛马达的原子分辨率冷冻电子显微镜（cryo-EM）结构，该分子由175个亚基组成，分子量约为6.3 MDa。该结构揭示了从带有FlgB和FliE亚基的MS环突出的10个肽介导了从MS环到杆的扭矩传递，并克服了马达旋转结构和螺旋结构之间的对称性不匹配。LP环接触远端杆，并施加静电力以支持其旋转和扭矩传递到钩。这项工作为鞭毛马达的结构，组装和扭矩传递机制提供了详细的分子知识。

【11】2021年2月10日，中国科学院上海药物研究所徐华强课题组，联合美国匹兹堡大学张诚课题组、浙江大学医学院与浙江省良渚实验室张岩课题组以及北卡罗来纳大学教堂山分校Bryan L. Roth课题组在Cell 在线发表题为“Structural insights into the human D1 and D2 dopamine receptor signaling complexes”的研究论文，该研究通过解析选择性D1R激动剂以及非选择性多巴胺受体激动剂激活下D1R-Gs以及D2R-Gi复合物的结构，结合功能试验数据，阐释了D1R和D2R在配体选择性以及G蛋白选择性识别上的机制等重要的生物学问题，为开发以D1R和D2R为靶标的选择性药物以及更为安全的抗神经精神疾病类药物提供了重要的结构和理论基础（点击阅读）。

【12】2021年5月12日，中国科学院遗传发育生物研究所，北京大学，北京师范大学，清华大学等多单位合作，周俭民，陈宇航，何康敏及柴继杰共同通讯在Cell 在线发表题为“The ZAR1 resistosome is a calcium-permeable channel triggering plant immune signaling”的研究论文，该研究采用单分子成像来显示活化的ZAR1蛋白可以在质膜中形成五聚体复合物。ZAR1抵抗小体在非洲爪蟾卵母细胞中以依赖于位于通道孔中的保守酸性残基Glu11的方式显示离子通道活性。预组装的ZAR1抵抗小体很容易掺入脂质双层中，并表现出钙可渗透的阳离子选择性通道活性。此外，该研究显示ZAR1在植物细胞中的激活导致Glu11依赖的Ca2 +涌入，亚细胞结构的扰动，活性氧的产生以及细胞死亡。因此，该研究结果支持ZAR1抵抗小体充当钙可渗透的阳离子通道，从而触发免疫力和细胞死亡。

【13/14】2021年2月5日，国际著名学术刊物Cell 在线发表了题目分别为“Tracing the genetic footprints of vertebratelanding in non-teleost ray-finned fishes”和“African lungfish genome sheds light on thevertebrate water-to-land transition”的两篇研究论文，两项姊妹篇研究分别解析了原始辐鳍鱼类塞内加尔多鳍鱼、匙吻鲟、弓鳍鱼和鳄雀鳝，以及现生肉鳍鱼类中与四足动物亲缘关系最近的非洲肺鱼共五个物种的基因组。两篇论文交叉整合了基因组学、进化生物学、鱼类学、古生物学、计算生物学和分子生物学等学科，从不同角度和不同演化节点揭示了脊椎动物水生到陆生的转变之谜。

【15】2021年3月25日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所，黑龙江大学，列克星敦大学等多单位合作，张友军及Ted C.J. Turlings共同通讯在Cell 在线发表题为”Whitefly hijacks a plant detoxification gene that neutralizes plant toxins“的研究论文，该研究表明，通过异常的水平基因转移事件，烟粉虱已获得了植物来源的酚类葡萄糖苷丙二酰转移酶基因BtPMaT1。该基因使烟粉虱能够中和酚类葡萄糖苷。通过对番茄植物进行基因改造以产生能使BtPMaT1沉默证实了这一点，从而削弱了粉虱的解毒能力。这些发现揭示了一种进化情景，食草动物利用其宿主植物的遗传工具来发展对植物防御的抵抗力，以及如何将其用于作物保护。

【16】2021年3月2日，袁国勇等团队在Cell 在线发表题为“Soluble ACE2-mediated cell entry of SARS-CoV-2 via interaction with proteins related to the renin-angiotensin system”的研究论文，该研究使用高度易感染SARS-CoV-2的人肾细胞系HK-2，进行了全基因组RNAi筛选并鉴定了病毒依赖性因子（VDF），它们在与临床表现相关的生物学途径中起调节作用SARS-CoV-2感染。该研究发现SARS-CoV-2受体的分泌形式，即可溶性血管紧张素转化酶2（sACE2）的分泌形式在SARS-CoV-2感染中起作用。进一步的研究表明，SARS-CoV-2通过其刺突蛋白分别通过AT1或AVPR1B与sACE2或sACE2-血管加压素之间的相互作用来利用受体介导的内吞作用。该研究对VDF的鉴定和sACE2对SARS-CoV-2感染的调节作用使我们深入了解了SARS-CoV-2的发病机理和细胞进入机制，以及对COVID-19的潜在治疗策略（点击阅读）。

【17】2021年2月23日，中国食品药品检定研究院王佑春，黄维金，中国疾病预防控制中心许文波，南华大学瞿小旺共同通讯在Cell 在线发表题为“No higher infectivity but immune escape of SARS-CoV-2 501Y.V2 variants”的研究论文，该研究用18种假型病毒进行的实验表明，除了鼠ACE2过表达的细胞外，501Y.V2变体在多种细胞类型中均未赋予增加的感染力，在小鼠中，ACE2过表达的细胞被观察到感染力大大增加。值得注意的是，501Y.V2变体对17种中和单克隆抗体中的12种的敏感性大大降低，并且恢复期患者和免疫小鼠血清对这些变体的中和能力也降低了。中和抗性主要是由刺突蛋白受体结合域中的E484K和N501Y突变引起的。此外，该研究检测到的501Y.V2变体的抗中和性表明潜在的单克隆抗体和疫苗功效受损的可能性。

【18】2021年2月23日，北京大学孔道春团队在Cell 在线发表题为“RNA polymerase III is required for the repair of DNA double-strand breaks by homologous recombination”的研究论文，该研究确定了通过RNA-DNA杂合体的瞬时形成来实现对3'突出端的保护。 杂合体中的DNA链是3'ssDNA突出端，而RNA链是新合成的。RNA聚合酶III（RNAPIII）负责合成RNA链。此外，RNAPIII被MRN复合物积极地招募至DSB。CtIP和MRN核酸酶活性是启动DSB处RNAPIII介导的RNA合成所必需的。降低RNAPIII的水平可抑制HR，DSB处的遗传损失> 30 bp则增加。因此，RNAPIII是必不可少的HR因子，而RNA-DNA杂合体是用于保护DSB修复中3'突出端的必不可少的修复中间体。

【19】2021年2月10日同期Cell 上，来自四川大学的邵振华团队等以“背靠背”形式发表了“Ligand recognition and allosteric regulationof DRD1-Gssignaling complexes”的研究论文，该研究报道了D1R与不同激动剂配体以及D1R与变构调节剂的结构，揭示了D1R的激动剂配体以及变构调节剂的结合特性以及潜在的变构调节机制。

【20】2021年2月9日，清华大学张强锋，王健伟及丁强共同通讯在Cell 在线发表题为“In vivo structural characterization of the SARS-CoV-2 RNA genome identifies host proteins vulnerable to repurposed drugs”的研究论文，该研究使用icSHAPE技术，确定了SARS-CoV-2 RNA在感染的人细胞中以及从重新折叠的RNA以及SARS-CoV-2和其他六种冠状病毒的调控性非翻译区的结构态势。该研究验证了计算机预测的几种结构元件，并发现了影响细胞中亚基因组病毒RNA的翻译和丰度的结构特征。结构数据提供了一种深度学习工具，可预测与SARS-CoV-2 RNA结合的42种宿主蛋白。引人注目的是，靶向结构元件的反义寡核苷酸和FDA批准的抑制SARS-CoV-2 RNA结合蛋白的药物大大减少了SARS-CoV-2对人细胞的感染。因此，该研究的发现揭示了COVID-19治疗的多种候选疗法。

【21】2021年2月4日，北京大学张泽民，步召德及季加孚共同通讯在Cell在线发表题为”A pan-cancer single-cell transcriptional atlas of tumor infiltrating myeloid cells“的研究论文，该研究通过对15种人类癌症类型的210名患者的单个髓样细胞进行分析，确定了各种癌症类型的TIMs的独特特征。发现鼻咽癌中的肥大细胞与更好的预后相关，并且表现出具有高比例的TNF + / VEGFA +细胞的抗肿瘤表型。cDC1和cDC2衍生的LAMP3 + cDCs的系统比较显示了它们在转录因子和外部刺激方面的差异。此外，促血管生成的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）具有跨不同癌症类型的多种标记物，并且TIMs的组成似乎与体细胞突变和基因表达的某些特征有关。该研究结果提供了高度异质性TIMs的系统视图，并为合理，有针对性的免疫疗法建议了未来的途径。

【22】2021年2月3日，中国科学院遗传与发育生物学研究所李家洋，梁承志，高彩霞及Yu Hong在Cell 在线发表题为“A route to de novo domestication of wild allotetraploid rice”的研究论文，该研究描述了一种可行的策略，即野生异源四倍体水稻的从头驯化。该研究首先选择3种来源于美洲的异源四倍体CCDD基因组野生稻, 包括高秆野生稻(O. alta)、重颖野生稻(O. grandiglumis)和阔叶野生稻(O. latifolia),开展遗传转化效率评价, 仅发现1份高秆野生稻具有较好的愈伤组织诱导和再生能力, 并将其命名为PPR1 (polyploid rice 1)。高秆野生稻植株高大(>2.7 m), 叶片宽大(>5 cm), 稻穗长(>48 cm),着粒稀, 籽粒小(千粒重约为8.79 g), 籽粒上具长芒, 耐逆且抗病虫能力较强(图1)。为实现高效的基因组编辑, 他们进一步优化遗传转化系统, 将PPR1的转化效率和再生率分别提高到约80%和40%, 为利用基因编辑技术开展高秆野生稻的从头驯化奠定了基础。

【23】2021年1月27日，中国科学院昆明动物研究所宿兵，北京大学李程及中国科学院数学与系统科学研究院张世华共同通讯在Cell 在线发表题为“3D Genome of macaque fetal brain reveals evolutionary innovations during primate corticogenesis”的研究论文，该研究生成了多组学概况，并构建了恒河猴在皮质发生过程中的3D基因组架构的高分辨率图。通过比较人类，恒河猴和小鼠大脑的3D基因组，该研究确定了许多人类特定的染色质结构变化，包括499个拓扑关联域（TAD）和1266个染色质环。人类特异性环显著丰富了增强子与增强子的相互作用，并且受调控的基因在subplate中显示了人类特异性表达的变化，subplate是大脑发育的过渡区域，对神经回路的形成和可塑性至关重要。值得注意的是，许多人类特异性序列变化位于人类特异性TAD边界和环锚中，这可能在人类中产生新的转录因子结合位点和染色质结构。总体而言，所提供的数据突出了比较3D基因组分析在剖析大脑发育和进化的调控机制中的价值。

【24】2021年1月22日，北京大学谢晓亮团队与Karl Deisseroth（张锋导师）团队合作在Cell 在线发表题为“Changes in genome architecture and transcriptional dynamics progress independently of sensory experience during post-natal brain development”的研究论文，该研究通过对数字转录组学（MALBAC-DT）和二倍体染色质使用高分辨率的基于多重退火和循环的扩增循环，生成了发育中的小鼠皮质和海马体的转录组（3,517个细胞）和3D基因组（3,646个细胞）。在成年人中，3D基因组“结构类型”描绘了所有主要细胞类型，染色质A / B区室与基因表达之间具有高度相关性。在发育过程中，转录组和3D基因组均在出生后的第一个月被广泛转化。在神经元中，3D基因组跨尺度重新连接，与基因表达模块相关，并且与感觉体验无关。最后，该研究检查了印迹基因的等位基因特异性结构，揭示了局部和染色体（chr）范围的差异。这些发现揭示了神经发育的未知维度。

【25】2021年1月9日，西湖大学生命科学学院郭天南课题组与华中科技大学同济医学院附属协和医院胡豫、夏家红、聂秀团队合作，在 Cell 杂志在线发表了题为：Multi-organ Proteomic Landscape of COVID-19 Autopsies 的最新研究论文。该论文报道了2020年初因新冠肺炎去世的患者体内多器官组织样本中蛋白质分子病理全景图。相当于他们将医生在显微镜下看到的人体感染新冠后细胞组织的改变放大了数万倍，达到蛋白质分子层面，“看”清楚是哪些分子的改变导致人体器官的病变和衰竭。这是在全球范围内第一次从蛋白质分子水平上，对新冠病毒感染人体后多个关键器官做出的响应进行了详细和系统的分析，为临床工作者和研究人员制定治疗方案、开发新的药物及治疗方法提供了线索和依据。

版权声明：本文转自“iNature”，文章转载只为学术传播，不代表本号观点，无商业用途，版权归原作者所有，如涉及侵权问题，请联系我们，我们将及时修改或删除。