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人类口腔和肠道共生微生物在免疫稳态的发展和维持中发挥着至关重要的作用，而其与 SARS-CoV-2 感染的易感性和严重程度的关系鲜为人知。

2021年7月22日，中山大学陆家海、哥伦比亚大学郭城、中山大学附属第五医院单鸿和黄曦共同通讯在npj biofilms and microbiomes (IF=7.29)在线发表题为“Altered oral and gutmicrobiota and its association with SARS-CoV-2 viral load in COVID-19 patientsduring hospitalization”的研究论文，该研究采集了COVID-19患者的140份咽拭子样本和81份粪便样本，以及健康人群的44份咽拭子样本和32份粪便样本，通过16S rRNA基因测序，分析COVID-19患者住院期间的口腔菌群和肠道菌群。

该研究发现，与健康对照组相比，COVID-19患者的口腔和肠道菌群多样性显著降低；且相较于非重症患者，重症COVID-19患者的口腔和肠道菌群多样性进一步降低。与健康对照组相比，COVID-19患者口腔和肠道菌群中的机会致病菌增多，其中包含了一些牙周炎相关菌、菌血症相关菌相对丰度的增高。在患者的口腔和肠道菌群中均发现了特定口腔分类群Granulicatella和Rothia mucilaginosa相对丰度的增高，这可能反映了新冠肺炎患者中特定口腔分类群的易位和向肠道内迁移。此外，研究还发现了与患者病毒载量相关联的特定细菌分类群。

总的来说，该研究报告了COVID-19患者住院期间口腔和肠道菌群的变化。口腔和肠道菌群与COVID-19严重程度及患者病毒载量之间的关联表明基于微生物组的干预措施在预防和治疗COVID-19方面具有潜力，这些数据为应对COVID-19大流行提供了新思路。

 

COVID-19在世界范围内迅速蔓延，对人类健康和社会发展构成了重大威胁。SARS-CoV-2通过飞沫或接触进入呼吸道，病毒棘突蛋白与宿主呼吸道上皮细胞表面的ACE2结合并侵入宿主细胞，继而进入复制阶段，这一过程是其发挥致病作用的开端。大部分感染会导致快速的先天免疫反应，病毒会在短时间内被宿主免疫系统清除，因此大部分病人表现为无症状或轻症。但在部分患者中，位于上呼吸道的病毒会侵入机体更深的部位，触发炎症反应，并导致更为严重的症状。除了肺部，SARS-CoV-2还可靶向心脏、肝脏、肾脏及肠道等其他器官，引起多器官损伤。研究表明，异常免疫反应、合并症和高龄是与 COVID-19 严重程度相关的危险因素。然而，这些因素尚不足以对所有重症患者作出解释。由于 COVID-19 的全球大规模疫苗接种仍具不确定性，且尚未针对COVID-19的特效疗法，因此迫切需要进一步的研究来阐明COVID-19 的病理机制及探索其新疗法。

人类微生物群与宿主免疫系统之间存在着多种方式的互作，正常菌群在免疫稳态的发育和维持中起着至关重要的作用，而菌群失衡与许多疾病密切相关。肠道菌群是人体最丰富的微生物生态系统，口腔菌群次之，口腔及肠道菌群对人体健康与疾病状态的影响至关重要。既往研究表明，口-肺微生物群可通过调节粘膜免疫影响传染病的结局；肠道菌群可通过肠-肺轴影响病毒感染的发生发展。另一方面，病毒感染可改变微生物群和宿主之间的总体平衡，从而改变疾病的易感性和严重程度。细菌合并感染是影响流感等病毒性呼吸道疾病发病率和死亡率的重要原因。同样，有研究提示 SARS-CoV-2 感染可能使患者容易发生细菌合并感染，从而影响疾病的严重程度和死亡率。越来越多的证据表明口-肠轴在疾病发生发展过程中起到重要的调节作用。结合COVID-19患者的口腔与肠道菌群进行研究是很有必要的，这有助于更好地了解COVID-19的发生发展。

本研究共纳入53例COVID-19患者和76例健康对照，最终收集了COVID-19患者的140份咽拭子样本和81份粪便样本，以及健康人群的44份咽拭子样本和32份粪便样本，通过16S rRNA基因测序，分析COVID-19患者住院期间的口腔菌群和肠道菌群。

该研究发现，与健康对照组相比，COVID-19患者的口腔和肠道菌群多样性显著降低；且相较于非重症患者，重症COVID-19患者的口腔和肠道菌群多样性进一步降低。与健康对照组相比，COVID-19患者口腔和肠道菌群中的机会致病菌增多，其中包含了一些牙周炎相关菌、菌血症相关菌相对丰度的增高。在患者的口腔和肠道菌群中均发现了特定口腔分类群Granulicatella 和Rothia mucilaginosa 相对丰度的增高，这可能反映了新冠肺炎患者中特定口腔分类群的易位和向肠道内迁移。此外，研究还发现了与患者病毒载量相关联的特定细菌分类群。

总的来说，该研究报告了COVID-19患者住院期间口腔和肠道菌群的变化。口腔和肠道菌群与COVID-19严重程度及患者病毒载量之间的关联表明基于微生物组的干预措施在预防和治疗COVID-19方面具有潜力，这些数据为应对COVID-19大流行提供了新思路。

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